故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
某个黄昏时分，我遇见了专门恐吓人类的幽灵妖怪集团“怪奇组”的组长メチャ子。明明我比普通人还要怕鬼六倍，却莫名其妙地卷入了帮怪奇组东山再起的麻烦事里……在我身边，接连不断地发生着似可怕又不可怕的怪奇事件！搞笑恐怖，搞笑恐怖。前所未见的怪诞搞笑剧，此刻开演！
1555年，时为战国时代。 有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。 有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！” 目标只有一个，那就是天下布武！
世界最强吸血鬼与剑巫少女所编制的故事现在，开幕——！！“第四真祖”——那是本应只存在于传说中的，世界最强的吸血鬼。驾驭着十二只眷兽、播撒灾厄的幻之吸血鬼，出现在了日本。为了监视、抹杀那个“第四真祖”，政府·狮子王机关决定派遣被称为“剑巫”的攻魔师。然而不知为何，被选为监视者的，却是见习中的“剑巫”少女，姬柊雪菜。雪菜携带着专门对真祖使用的最强灵枪，造访魔族特区“弦神市”。在那里遭遇到的“第四真祖”晓古城的真实身份是——！
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。
在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。 宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。 小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事——。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
故事发生在名为鹿缟的城市中。因为同暗恋的女生神泉安菜（堀江由衣 配音）告白被拒绝，平凡的少年大佛弹（植田佳奈 配音）决定前往鹿缟山换换心情。没想到，这居然成为了改变大佛弹一生的一趟旅途。目击到外星飞船坠毁地球的场面的大佛弹成为了事故的牺牲者，为了挽救无辜，事件的始作俑者宇宙仁（藤原启治 配音）重塑了弹的身体。可是，恶趣味的仁擅自将弹的性别和外形转换成了女性！从此，弹将以女性的身份重新开始高中的学习。 塞翁失马焉知非福，变成女性的弹却意外的吸引了安菜的注意。不仅于此，就连亲梅竹马来栖泊（田村由加利 配音）也向弹发起了积极的进攻，一时间，曾经默默无闻的弹成为了热门人物。弹的真实身份会暴露吗？这三人间又将发展处怎样的关系呢？女生之间的感情，还是真是难以捉摸啊。
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类， 被分为银河帝国与自由行星同盟这两个 拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。 两国之间的抗争持续了150年， 以无边无际的广袤银河为舞台， 重复着无止境的战斗。 银河帝国的门阀贵族社会的腐败， 以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治 侵蚀着两个国家。 之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。 “常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆， 以及人称“不败的魔术师”的杨威利。 两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
故事发生在一个非常炎热的夏天，久坂悠（岸尾大辅 配音）是一名看上去对一切都毫不在意，非常冷漠的男子高中生。某日，一位名叫夜明瑛梦（水树奈奈 配音）的少女出现在了他的面前，而紧随其后对她进行攻击的，是名为魂兽的可怕怪物。 魂兽激发了隐藏在阿悠体内的特殊能力，原来，阿悠是一名魂兽使，能够通过操纵魂兽来获得强大力量，然而，操纵魂兽也要付出相应的代价，在操纵魂兽的同时，阿悠的心灵也会遭到黑暗的侵蚀，如果阿悠的精神来到了濒临崩溃的边界，他将彻底的被魂兽所吞噬，再也恢复不成人类的模样。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
