Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
1555年，时为战国时代。 有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。 有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！” 目标只有一个，那就是天下布武！
孤儿院兼国家战用魔术武器育成机关收容无依的小孩，培养成战争用的魔术武器，死亡对在这里生活的孩子们来说稀松平常，无法尽情地表达悲伤。14岁少女席娜某天早上得知室友在战争中丧生，她压抑心中的悲伤，无法完全接纳自己的境遇。晚上她遇到一个满身血迹的少女——第二天，名叫美美的少女转进席娜的班上。有传闻说美美是学校的秘密武器，两人的邂逅，令席娜的心慢慢产生变化。
某个黄昏时分，我遇见了专门恐吓人类的幽灵妖怪集团“怪奇组”的组长メチャ子。明明我比普通人还要怕鬼六倍，却莫名其妙地卷入了帮怪奇组东山再起的麻烦事里……在我身边，接连不断地发生着似可怕又不可怕的怪奇事件！搞笑恐怖，搞笑恐怖。前所未见的怪诞搞笑剧，此刻开演！
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
元ズーラーノーン12高弟の1人、そして元漆黒聖典第九席次クレマンティーヌ。 己の腕に絶対的な自信を持っていた彼女も、訳あって、あるマジックキャスターから身を隠すため、逃亡生活を送っていた。そのころ、ナザリックではアインズの命令で武技に関する情報収集を開始する・・・。
改作是日本漫画家秋乃茉莉的一部动画作品，每个短篇故事均以英文D开头的字为标题，贯穿故事的中心主旨。一袭中国纹样长衫，容貌比女子娇艳的D伯爵，在美国的中华街上，开着一家专卖珍奇动物的宠物店。店里提供各种奇幻的动物，神秘的体验，熏然的香气蒸烧人类的欲望和原罪。D伯爵能给客人想要的的一切，但如果若客人对宠物不够用心，违反了契约，小店是不承担任何的责任的。在此期间发生了许多离奇死亡案，而恰好被害人都是宠物店的客人，这一切引起了当地警察雷恩的警惕。在调查过程中他发现了千奇百怪的动物和千奇百怪的人，但最后所有的危险总能在D伯爵的解决下化险为夷。这个神秘而又美丽的D伯爵，他的真正面目到底是什么呢？
住在天空与海洋辉映的城镇“藤泽”的梓川咲太，就读高中二年级。 他与既是学姐又是恋人的樱岛麻衣所度过的令人雀跃的日常，随着初恋对象牧之原翔子的出现而改变。 不知为何，存在着“中学生”和“大人”两个翔子。 出于无奈开始和翔子住在一起的咲太，受到“大人翔子”的捉弄，和麻衣的关系也变得尴尬。 此时，“中学生翔子”身患重病的事实被发现，咲太的伤痕开始隐隐作痛——。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
